琼脂糖凝胶电泳是用琼脂或琼脂糖作支持介质的一种电泳方法。对于分子量较大的样品，如大分子核酸、病毒等，一般可采用孔径较大的琼脂糖凝胶进行电泳分离。

优点

1.由于硫酸根和羧基没有，使琼脂的电渗。

2.吸附蛋白质很少，所以没有拖尾现象。

3.凝胶孔径比较大，结构均匀，能够被用来对酶的复合物、核酸、病毒等大分子物质进行分离。

4.具有比较好的透明度，能够直接染色或者干燥成薄膜后染色。

5.对紫外光不吸收，作定量测定的方法能够直接使用紫外光吸收法。

6.样品比较容易回收，经常被用来制备。

缺点

1.具有比较差的机械强度，容易破碎，浓度不可以过低。

2.容易受到细菌的污染，保存不方便，配置的时间需要临近使用的时间。

3.琼脂糖支持层上的区带很容易扩散，电泳必须马上固定染色。

4，比PAGE区带小，分子筛作用小。

应用

被用来电泳分离如大分子核酸、病毒等分子量比较打的样品，如今在核酸的研究中被广泛的使用。

根据分子质量大小对DNA进行分离的凝胶电泳技术成为了对基因工程重组DNA分子进行分析鉴定的重要的实验方法。

如今是DNA核苷酸序列分析、限制性内切酶片段分析等的技术基础等许多分子生物学研究的通用方法，学术界对其高度重视。